แนวทางการแก้ปัญหาโดยรวมของห้องปฏิบัติการจุลชีววิทยาแตกต่างจากวิศวกรรมห้องปฏิบัติการทั่วไปหรือวิศวกรรมการทำให้บริสุทธิ์ตามข้อกำหนดด้านความปลอดภัยและข้อกำหนดการใช้งานของห้องปฏิบัติการห้องปฏิบัติการที่ใช้เป็นหลักในด้านจุลชีววิทยา ชีวเวชศาสตร์ ชีวเคมี การทดลองในสัตว์ การรวมตัวกันทางพันธุกรรม และผลิตภัณฑ์ทางชีวภาพ เรียกรวมกันว่าห้องปฏิบัติการความปลอดภัยทางชีวภาพห้องปฏิบัติการความปลอดภัยทางชีวภาพประกอบด้วยห้องปฏิบัติการหลักและห้องปฏิบัติการอื่น ๆ และห้องฟังก์ชันเสริมห้องปฏิบัติการความปลอดภัยทางชีวภาพจะต้องรับรองความปลอดภัยส่วนบุคคล ความปลอดภัยต่อสิ่งแวดล้อม ความปลอดภัยของของเสียและความปลอดภัยของตัวอย่าง การทำงานในระยะยาวและปลอดภัย และในขณะเดียวกันก็จัดให้มีสภาพแวดล้อมการทำงานที่สะดวกสบายและดีสำหรับเจ้าหน้าที่ห้องปฏิบัติการ
ห้องปฏิบัติการจุลชีววิทยามีห้องทดสอบแบคทีเรีย 100 ระดับในพื้นที่ ห้องทดสอบเชื้อรา ห้องทดสอบเชื้อโรค ห้องล้างและฆ่าเชื้อ ห้องเพาะเชื้อรา ห้องเพาะเชื้อแบคทีเรีย และห้องระบุเครื่องมือจุลินทรีย์ การเตรียมอาหารเลี้ยงเชื้อ ห้องเก็บสายพันธุ์.